Звучи, эуфониум! Добро пожаловать в клуб духового оркестра старшей школы Китауджи

Юу и Харука - давние подруги, которые всегда проводят время вместе. После поступления в старшую школу их рассаживают за разные парты. Чтобы сохранить привычную близость, девушки предпринимают нестандартные действия, результатом которых становится появление Сакуры. Сакура является хранительницей времени, и её обязанность - поддерживать стабильность мира, защищая ход истории от вмешательств.

Первое задание Сакуры связано с поимкой вора по имени Сугинами, появившегося в эпоху Эдо. Однако вор оказывается не один: ему помогают волшебницы Немо и Михару, чьи силы позволяют ему скрыться в потоке времени. Несмотря на это, Сакуре удается вернуть похищенное сокровище той эпохи. Дальнейшие действия должна определить организация, в которой состоит Сакура - центр сохранения исторических событий.

Мотивы вора, выбравшего именно период Эдо, и происхождение помогавших ему волшебниц остаются неясными. Эти события приводят к изменениям в отношениях между Юу и Харукой, ставя под вопрос будущее их многолетней дружбы.