Меч Жёлтого императора. Бледное сияние

В 1967 году космический корабль, исследовавший Луну, был уничтожен, а его обломки захвачены инопланетными силами. Эти существа, позже названные BETA, начали вторжение на Землю с целью порабощения человечества. Многие страны оказались под контролем захватчиков, однако Японии удалось организовать оборону и сохранить независимость своей территории.

Для противодействия угрозе на фронт направляется Юи, молодая девушка из рода самураев. Ей предстоит участвовать в боевых действиях против сил BETA. В ходе войны психическое состояние Юи претерпевает изменения, но в этих условиях она находит союзника в лице девушки по имени Юе.

Сюжетная арка Alternative начинается с того, что главный герой Такеру просыпается в своей комнате спустя три года после событий Muv-Luv Unlimited. Он осознает, что был перемещен в прошлое, к моменту начала тех событий. Такеру принимает решение помочь профессору Кодзуки в реализации проекта Альтернатива IV, чтобы предотвратить уничтожение человечества. Второй сезон аниме, анонсированный на октябрь 2022 года, продолжает развитие данной сюжетной линии.