Рождение Китаро: Тайна Щелкунчика

Такато встречает дигимона-партнёра по имени Гилмон. После знакомства они отправляются на курорт в Окинаве. Место отличается природной красотой и спокойной атмосферой. По прибытии выясняется, что в Японии распространяется компьютерный вирус. Такато и Гилмон подозревают связь этого явления с дигимонами. Ситуация усложняется появлением Минами — ещё одного укротителя дигимонов.

На фоне пляжного отдыха начинают происходить необычные события. Другие дигимоны проявляют враждебность к Гилмону. Такато пытается выяснить причины этой агрессии. Он исследует природу вируса и его возможную связь с миром дигимонов. В процессе герой сталкивается с рядом испытаний и опасностей. Постепенно раскрывается сложная цепочка событий, объединяющая Такато, Гилмона и других дигимонов.

Путешествие перерастает в последовательность задач, которые требуют от Такато изучения собственных способностей и устройства мира дигимонов. На пути встречаются новые союзники, противники и нерешённые вопросы. Исследование прошлого и текущих событий помогает герою определить своё место в этой системе. Сюжет строится вокруг раскрытия тайны вируса и преодоления возникающих препятствий.