Кэйити Маэбара переводится в школу деревни Хинамидзава в 1983 году. Он быстро вливается в коллектив: находит общий язык с ровесницей Рэной Рюгу, заводит дружбу со старостой Мион Сонодзаки, а позже знакомится с её сестрой-близняшкой Сион. Также он общается с младшими школьницами Рикой Фурудэ и Сатоко Ходзё. Вскоре Кэйити узнаёт о ежегодном фестивале «Ватанагаси», который проводится в поселении в честь Бога Оясиро-сама. Подруги рассказывают Маэбаре, что в день фестиваля в Хинамидзаве регулярно

Действие разворачивается в будущем, где человечество освоило космические путешествия. После войны с расой гигантов Зентради люди стремятся к мирному сосуществованию с другими инопланетными цивилизациями. Главный герой Алто Сайянаги обучается в академии, мечтая стать пилотом и летать в космосе. Его жизнь меняется после знакомства с популярной певицей Шерил Ном, прибывшей на колонию Макросс Фронтир для концерта. Вскоре колонию атакуют неизвестные космические корабли, и Алто вместе с друзьями