Сюжет разворачивается вокруг сотрудничества двух учёных — Сэнку Исигами и Доктора Ксено. После предыдущего конфликта они объединяют свои знания для достижения общей цели. План включает создание космического корабля и организацию экспедиции на Луну. По расчётам персонажей, именно там находится информация, которая позволит разгадать причину массового окаменения людей. Реализация проекта требует восстановления множества утраченных технологий — от металлургии и электроники до сложных вычислительных

Главный герой Субару Нацуки проводит большую часть времени дома за видеоиграми. Он не проявляет интереса к общению со сверстниками и ведет уединенный образ жизни. Однажды он выходит из дома за продуктами и неожиданно перемещается в альтернативный мир. Субару воспринимает это как начало приключений, но вскоре на него нападают неизвестные. Героя спасает девушка по имени Эмилия. Субару решает отблагодарить спасительницу и узнает, что она ищет украденную у нее вещь. Он предлагает помощь в поисках,

Рин Окимура и его младший брат Юкио с детства живут в храме под опекой священника Фудзимото, который также является экзорцистом. Рин отличается вспыльчивым и импульсивным характером, из-за чего часто участвует в драках. Юкио, напротив, спокоен, прилежно учится и планирует стать врачом. Его первой медицинской практикой становится обработка ран, которые Рин получает в стычках. Основное различие между братьями заключается в происхождении Рина. Он является полудемоном и сыном Сатаны, владыки ада.

В 1999 году на уединенном острове Южной Аталии произошло крушение инопланетного корабля. Это событие предоставило человечеству доказательства существования внеземной жизни. Спустя десять лет после инцидента ученые и инженеры восстановили разбитый корабль, переименовав его в SDF-1 Macross. Во время первого полета восстановленного судна на Земле появились представители инопланетной расы, называющей себя зентреди. Появление зентреди привело к началу вооруженного конфликта между человечеством и