В будущем человечество разработало систему "Кидзуна" для поддержания глобального мира. Система основана на вживляемых чипах, которые передают физическую боль от одного носителя всем остальным. Создатели предполагали, что такая взаимосвязь заставит потенциальных агрессоров воздерживаться от насилия, осознавая последствия для себя. Школьник Кацухира Агата становится одним из тестировщиков системы "Кидзуна". Его чип связывает его с группой одноклассников, образуя принудительную

Леон Валентине находит необычную игрушку под названием Бакуган. Она оказывается порталом в параллельное измерение, где Бакуганы являются живыми существами с особыми способностями. Леон знакомится с другими людьми, которые также получили подобные игрушки и стали партнерами этих существ. Вместе они образуют команду для противодействия общей угрозе. Герои узнают о существовании организации "Генезис", которая объединяет сильных воинов из разных измерений под предлогом проведения