Медуза не умеет плавать в ночи

Коеми Арараги является учеником старших классов японской школы. В прошлом он существовал как вампир, но сумел подавить свои инстинкты и вернуться к обычной человеческой жизни. В настоящее время он сосредоточен на подготовке к выпускным экзаменам, стараясь не привлекать к себе внимания. Во время одного из школьных дней он случайно активирует аномальную энергетическую воронку в своем классе.

В результате инцидента в помещении остаются только Коеми и его одноклассница Надэко Сэнтёгава, с которой у него сложные отношения из-за прошлого конфликта. Для расследования происшествия к ним присоединяется ученица младших классов Оги Осино. Она является племянницей Мэмэ Осино, исследователя паранормальных явлений, что дает группе доступ к специализированным знаниям.

Трое учащихся начинают совместное расследование для выяснения природы и причины появления воронки. Их действия осложняются тем, что аномалия привлекает внимание потусторонних существ, которые стремятся использовать этот разрыв для проникновения в мир людей. Группе необходимо найти способ закрыть воронку до того, как это приведет к более масштабным последствиям.