Обитель зла: Бесконечная тьма

События аниме разворачиваются в вымышленной версии периода Эдо, где власть принадлежит сёгунату Токугава, находящемуся под контролем пришельцев. Большинство жителей смирились с таким положением дел. На улицах можно встретить представителей разных народов и рас. Небольшая группа самураев не приняла власть чужаков и ведет скрытую борьбу, стремясь к свержению существующего режима.

Среди тех, кто выступает за свободу, отсутствует единство. В этих организациях часто действуют бандиты, сотрудничающие с инопланетными союзниками. Жизнь в районе Кабуки-тё продолжается своим чередом. За два года, прошедшие с событий первого сезона, многие персонажи изменились и стали сильнее благодаря постоянным тренировкам.

Молодой ученик Синпати Симура доволен тем, что его друзья из агентства Гинтоки снова готовы участвовать в происходящих событиях. Гинтоки, являющийся учителем и руководителем агентства, за это время превратился в сурового бойца, чье тело покрыто шрамами. Его группа продолжает вносить свой вклад в развитие ситуации.