События аниме разворачиваются после завершения войны за независимость Японии. Жертва Лелуша ви Британии позволила изгнать Британскую империю и установить новую политическую структуру - Объединенную Федерацию Наций. Эта организация вводит единые правила для всех государств, что временно обеспечивает мир. Однако спустя некоторое время возникает нестабильная ситуация, нарушающая установленное равновесие. Неизвестный человек с силой Гиаса атакует Наннали и Сузаку, беря их в заложники. Параллельно

Действие разворачивается в будущем, где человечество сталкивается с проблемой перенаселения Земли. Ученые и правительственные чиновники принимают решение начать колонизацию Галактики. Для этого создаются космические корабли, на которые направляются добровольцы. Их задача - добраться до отдаленных планет. После успешной колонизации устанавливаются порталы, позволяющие свободно путешествовать по Галактике. Возникают колонии, способствующие развитию человечества. Однако некоторые колонии решают